尼爾一共有3條線,這三條線一共對應5個正式結局,和21個壞結局,加起來是26個結局,按字母a-z排列。其中abcde這5個是游戲的正式結局,f-z中的所有結局,都是壞結局。
a結局:a線通關(用2b一周目通關)
b結局:b線通關(用9s二周目通關)
c結局:c線a2通關(三周目,在第17章,9s和a2對決時,選擇a2)
d結局:c線9s通關(三周目,在第17章,9s和a2對決時,選擇9s)
e結局:c線雙結局后觸發(前四個結局達成后,在第17章,9s和a2對決后,pod會問玩家是否愿意以刪除存檔為代價救2b、a2、9s,選愿意進入17章的第11節,結束后會看見e結局)