原核生物DNA錯配修復中涉及到多種蛋白質和酶。首先是MutS蛋白,它能夠識別DNA雙鏈中錯配的堿基對,一旦識別到錯配,MutS就會結合到這個部位。然后MutL蛋白會和MutS結合形成復合物,這個復合物起到一種連接的作用,將錯配的識別信號傳遞到下游的成分。接著是MutH蛋白,MutH是一種核酸內切酶,它可以根據模板鏈的甲基化狀態來識別新合成鏈,然后在錯配位點附近的新合成鏈上切開一個切口。隨后,UvrD解旋酶會結合到切口處,它可以沿著DNA鏈解開雙鏈,使得包含錯配堿基的那一段DNA單鏈可以被去除。最后由DNA聚合酶Ⅲ來填補缺口,再由DNA連接酶連接上,這樣就完成了錯配修復的過程。